Akcja filmu rozgrywa się w dwóch wzajemnie się dopełniających planach czasowych: teraz i dawno temu. We współczesnej historii bohaterem jest młody lekarz Jakub, który właśnie przeżywa dramatyczny i trudny emocjonalnie okres swego życia. Coraz bardziej traci kontakt ze swoim ojcem i narzeczoną, Marią. Podejmując ostatnią próbę ratowania siebie, Jakub decyduje się na porwanie Marii, by na jej oczach dokonać swoistej psychodramy i zmusić do wysłuchania jego "spowiedzi". W części "dawnej" (ok. 150 lat temu), młodziutka guwernantka Maria ucieka od rzeczywistości w obsesyjną i idealistyczną miłość do księdza Jakuba, który właśnie przybył do swej nowej parafii.
Kim jest Królowa aniołów? Odpowiedź na to pytanie nie jest prosta ani jednoznaczna. Podobnie jak niezwykle wyrafinowany estetycznie i intelektualnie drugi film Mariusza Grzegorzka nawiązujący do obsesji i świata wyobraźni jego oryginalnego debiutu „Rozmowa z człowiekiem z szafy”. Królowa jest niezwykłą dziewczyną. Miała trudne dzieciństwo, po którym odziedziczyła ciągoty do ucieczek w świat urojony. Jest przekonana, że nawiązuje kontakt z istotami boskimi. Jest symboliczną, nierzeczywistą postacią, jakimś sennym majakiem.
